Do Estonii należy w sumie 1521 wysp. Największe z nich to: Sarema, Hiuma, Muhu, Vormsi, Kassari (czasem uważana za część Hiumy), Naissaar, Kihnu, Vaike-Pakri, Suur-Pakri i Ruhnu. Pierwszych pięć należy do Zachodniego Archipelagu Estońskiego, Kihnu i Ruhnu leżą w Zatoce Ryskiej, a pozostałe w Zatoce Fińskiej. Powierzchnia większości z nich nie przekracza 100 km2. Sarema ma 2673 km2, Hiuma 989 km2, a Muhu – 198 km2.
Na wczasy w Estonii najlepiej wybrać się latem, kiedy temperatury są najwyższe, a opady umiarkowane.
Wycieczki objazdowe i zwiedzanie najlepiej organizować od wiosny do jesieni. Ze względu na niższe niż w Polsce temperatury przez cały rok oraz częste odwilże i opady deszczu ze śniegiem, podróżowanie zimą może nie być zbyt komfortowe.
W Estonii występują cztery pory roku odpowiadające naszym polskim.
Najcieplejszym miesiącem jest lipiec ze średnią temperaturą 16-18 °C.
Najzimniejszym miesiącem jest luty, kiedy temperatury wahają się od -2 °C na zachodzie, do -8 °C na wschodzie kraju.
Estonia leży w strefie klimatu umiarkowanego chłodnego o cechach klimatu morskiego na zachodzie. Choć temperatury są tu nieco niższe niż u nas, to klimat jest stosunkowo łagodny. Estonia leży na styku mas powietrza, stąd tutejszy klimat ma charakter przejściowy.
Najcieplejszym miesiącem w roku jest lipiec. Temperatury mogą się wtedy wahać od 12 °C do 20 °C. Maj i sierpień to najbardziej słoneczne miesiące w roku, kiedy w ciągu dnia około 7-8 godzin w ciągu dnia jest słonecznych. W okresie od czerwca do września temperatura rzadko spada poniżej 10 °C. Upały zdarzają się w Estonii bardzo rzadko. Latem nie ma dużych różnic temperatur pomiędzy regionami.
Zima w Estonii jest surowsza niż w Polsce. Najzimniejszym miesiącem jest luty z temperaturami od -5°C do -11 °C. Na przełomie listopada i grudnia zamarza morze, a lód topnieje zwykle dopiero w kwietniu. Zimą występują znaczne różnice temperatur – na wschodzie kraju jest zimniej – temperatura jest niższa niż na zachodzie i wybrzeżu o około 6-7 °C.
Najwięcej opadów w Estonii przypada na okres od późnej wiosny do wczesnej jesieni. Większa ich ilość notowana jest na wyżynach i wzgórzach morenowych (750 mm w skali roku), a mniejsza na wybrzeżu i wyspach (500 mm rocznie). Charakterystyczna dla klimatu Estonii jest wysoka wilgotność powietrza w okresie zimowym (wynika z małej ilości ciepła i niskiego nasłonecznienia w tym czasie). Zmienne masy powietrza nad Estonią wywołują częste zmiany pogody – zimą bywa pochmurnie, częste są odwilże i mokry śnieg lub opady śniegu z deszczem. Latem te zmiany wywołują deszcz i zachmurzenie oraz obniżają temperaturę powietrza.